《魔女2》讲述了一名少女在某个巨型秘密实验室里醒来，她逃出实验室，偶然遇到努力从犯罪组织那里守护自己的家的庆熙。闯入庆熙家里的犯罪组织和少女冲突后，少女以压倒性的实力打败了他们。这期间，秘密实验室一直在追踪少女，这名神秘的少女到底是谁？

第二部放大了世界观出现很多势力，戏份第二多的是同样有超能力，在全世界猎杀魔女的韩国女队长和她话痨美国小弟的特种小队；李钟硕在片子里就打了个酱油，从和白博士的对话来看像总部的人。

最后还有一个势力是来自上海实验室，结果去杀女主角的四个上海超能力者（中文蹩脚到离谱）。

女主角在农场姐姐那里先三下五除二打退了一波本土黑帮，然后本土黑帮通过电话找到上海超能力者，他们前往了女主角所在农场。特种小队通过白博士的邀请来到韩国，再通过留下的定位找到了农场。

最后就是三方大乱斗，前面中国超能力者和特种小队还打得有来有往。而且上海超能力小队战斗力还更高，最后苏醒的女主角出场后完虐全场，只花了不到一分钟的时间。

这时第一部女主角突然出来说我是你姐姐，我们一起去找妈妈（妹妹能感应到妈妈的能力）。还有个彩蛋则是特种小队并没死，给李钟硕打电话结果人家一直在旁边，铺垫了第三部李钟硕大战超能力一家的感觉。