城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍 Noel Fisher 饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 Will Arnett 饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰）并肩作战打击恶徒。在史莱德（布莱恩·泰 Brian Tee 饰）逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞 Tyler Perry 饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。

《忍者神龟2》在视觉风格上收敛了许多，基本没有晃瞎眼的高光和泛滥的光晕，但视觉上依旧不输卖拷贝式的狂轰滥炸和高饱和影调。总体来讲，这部续集的动作场面相比起上一部宏大了不少，视觉快感也得以升级。

但在商业片直观表现暴力带来的视觉冲击外，还需要提供情感对立引发戏剧冲击，也就是所说的文戏。尤其对于《神龟2》这样的标配商业片，除了全程满足观众生理刺激外，还需要一定剂量的文戏为人物动机，剧情转折提供说服力。编剧需要在上一部的基础上，不断加入新角色，新矛盾来引发新的戏剧冲突撑起剧情，这就难免会重复之前走过的老路。从情节编排上看，正反势力始终围绕这管液体展开对抗，提供了明确的主线任务保证了剧情的连贯性。也是编导对悬疑片的成功运用关键道具来展开剧情，让观众对人物命运和情节走向保持高度关注。